“九五”以来，以孔子儒学研究为特色的专门史是山东省强化建设的重点学科，孔子文化研究院先后被山东省确定为“儒学研究基地”（十五）、“儒学研究中心”（十一五）、“孔子与传统文化研究中心”（十二五）、“山东省一流学科”（十三五）。一大批专门从事孔子儒家文化、中国儒学史、孔子儒家文献、儒家文物古迹、孔子文化传播研究及服务社会的专家汇聚于此，形成了一只由海内外知名学者组成的实力雄厚、优势集成、机构合理的专兼职队伍。目前，我院专职研究人员30人，其中教授12人（博士生导师5人，儒学泰山学者1人，山东省突出贡献专家1人，山东省高端智库人才1人），副教授8人（硕士生导师7人，泰山专家青年学者1人），讲师和博士8人；校内外兼职人员50余人。
       我院设有以孔子儒学及儒家文献为研究方向的博士点、博士后流动站，招收中国史、孔子儒学及儒家文献、儒家文化等方向的博士、硕士生。
      六十余年来，我院取得了丰硕的成果，在各类学术期刊发表论文两千余篇，出版孔子儒学专著四百余部。傅永聚教授2013年获批国家重大招标项目“历代孔子档案文献集成与研究及全文数据库建设”，马士远教授研究成果《两汉尚书学研究》入选国家社科最高荣誉“国家哲学社会科学成果文库”，并荣获山东省第二十八次哲学社会科学重大成果奖。至今，我院承担国家重大招标、国家社科基金等各类科研课题二百余项，获国家、省部级奖励近百项，在国内外产生了广泛深远的影响。
      我院藏书共计25万余册，其中线装古籍2万余册，藏有《四库全书》、《四部丛刊》、《丛书集成初编》、《四部备要》等大型丛书，订有报刊杂志180余种，珍贵历史文物200余件，中外文数据库20多个，另有大量的多媒体文献。
       我院多次举办国内外儒学学术会议，广泛进行交流，与数十个国家和地区的专家学者建立了学术联系。

   1956年12月，在曲阜师范大学首任校长、新儒家传人高赞非领导下成立了孔子研究会，1979年1月24日更名为孔子研究室；经山东省人民政府批准，1983年2月8日更名为孔子研究所，后更名为孔子文化研究院。

    历任院长：高赞非  王先进  刘蔚华  李启谦  姜林祥  苗润田  杨朝明  成积春  傅永聚

    现任院长：马士远