曲阜师范大学国学院设院务委员会和学术委员会，下设学术部、教育培训部和教学部。建有古籍研究所、国文研究所、礼乐研究所、儒家文化研究室、经学研究所、倫理学研究所、数字多媒体研究中心、自然国学传播中心。在青岛建有曲阜师范大学青岛恒星研究院、曲阜师范大学国学院分院（青岛），与喀什大学共建昆天国学院。